La chiesa, con navata a capriate, risale al XIV secolo, mentre il convento è stato ricostruito nel corso del Settecento. All’interno della chiesa è conservata una copia ottocentesca di un Crocifisso trecentesco simile a quello di San Damiano di Assisi. L’originale, che la tradizione vuole che sia stato donato al convento dallo stesso San Francesco, è andato distrutto nel 1892 durante un incendio. Alcuni affreschi recentemente riscoperti nell’abside e nelle pareti laterali sono attribuiti a Cola di Pietro. L’intero quadro decorativo dell’abside è incentrato sulle figure di Cristo, di Maria e di alcuni santi, tra i quali lo stesso Francesco. Nella volta sono eseguite coppie di evangelisti e dottori della Chiesa. Nella parete di fondo è riprodotta la tipica immagine medievale dell’albero di Jesse, come raffigurazione della discendenza carnale di Gesù da Jesse, padre del re Davide. Sulla parete di sinistra si trova una Natività e più in alto una Crocifissione. Sulla parete di destra, invece, in successione dall’alto verso il basso si possono vedere delle raffigurazioni delle stimmate di San Francesco, del martirio di Sant’Agata e santa Caterina d’Alessandria, quindi di sant’Antonio abate in trono e dell’incontro tra i santi abati Macario e Antonio. L’intero ciclo si completa con alcune immagini di santi. Altri affreschi da attribuire sempre a Cola di Pietro, realizzati in questa occasione, oppure successivamente , si trovano in altri punti della chiesa. Nel più importante dipinto del Quattrocento conservato all’interno della chiesa e collocato sull’altare maggiore, all’interno di una teca del Settecento, probabilmente staccato da una chiesa vicina, è raffigurata la Madonna della Misericordia. Un tempo attribuito a Girolamo di Giovanni, questo frammento si deve in realtà, a Giovanni Angelo d’Antonio, risale probabilmente, agli anni Sessanta del Quattrocento. Altri affreschi e dipinti che decorano l’intera chiesa risalgono ai secoli successivi dal XVI al XIX. Al Cinquecento risale l’affresco con San Nicola da Tolentino posto al centro del secondo altare a destra. I quadri su tela rimossi dagli altari, tranne uno, appartengono tutti a Giovanni Antonio Pellegrini da Milano. Sempre a questo pittore si devono le decorazioni ad affresco che si possono ammirare nel chiostro (storie della vita di San Francesco), e nel portico addossato alla facciata principale della chiesa. Le lunette di questo portico sono occupate da quattro scene: in quelle ai lati della porta sono raffigurati miracoli di Sant’Antonio da Padova (il Donanmiracolo della mula e quello del padre). Le altre due scene riguardano, invece, l’intercessione di San Francesco per le anime del Purgatorio e il miracolo di Pontelatrave, che vede come protagonista lo stesso santo. Nel chiostro, il cui assetto definitivo scaturisce da numerosi interventi che si sono succeduti nel tempo, si può ammirare una bifora gotica. Il 6 dicembre 1802, nella chiesa viene ospitata la statua della Madonna di Loreto di ritorno da Parigi dopo il furto napoleonico.