Al secolo successivo risalgono, invece, i due affreschi che affiancano questo primo dipinto. Nel primo è raffigurato il Crocifisso tra la Madonna e San Gregorio martire; nel secondo (ne restano poche tracce), sono raffigurati San Martino e Santa Lucia. L’opera potrebbe appartenere a Simone De Magistris che tra il 1580 e il 1582 è impegnato nella decorazione dell’abside principale del santuario di Macereto. Nel Settecento la chiesa era ancora dotata di ben cinque altari. Uno di questi, posto lungo la parete destra, era dedicato alla Madonna e a San Sebastiano (viene eretto nel 1616 per volontà di Giovanni Maria Olivieri da Fiordimonte) ed era dotato di una tela (una Madonna col Bambino e i santi Sebastiano, Giovanni Battista e Francesco) del pittore milanese Giovanni Antonio Pellegrini, ora presso il Museo civico “Raffaele Campelli”. A sinistra dell’altare è collocato l’organo della fine del XIX secolo, costruito da Zeno Fedeli di Foligno.