La chiesa, a pianta circolare (un perimetro circolare con quattro absidi), influenzata dagli ambienti circolari romani, piuttosto che da derivazioni bizantine, sormontata da una cupola costruita senza centine di sostegno, sorge tra i secoli XI e XII. La chiesa di San Giusto viene citata, per la prima volta, in un documento nel 1240 con l’appellativo di priorato. Si tratta del testamento di Rodolfo da Varano.
Nel vano terreno della torre campanaria, aggiunta all’inizio del XIV secolo, probabilmente insieme all’edificio della sacrestia, sono visibili degli affreschi della fine del Trecento, mentre all’interno della chiesa è conservata una tavola di Venanzo da Camerino (Madonna del Rosario con Bambino e san Domenico), attivo tra il 1518 e il 1530, ed una Madonna in trono con Bambino, della seconda metà del XIII secolo, di anonimo umbro-marchigiano seguace di Simeone Machilone. Come scrive Angelo Antonio Bittarelli, il volto della Vergine «Liberato dalle ampie corone d’argento e dai pesanti rifacimenti […] appare duro, non piacevole nei tratti e nel meccanico disegno del contorno». Lo studioso americano E.B. Garrison jr. pone questa tavola in relazione con l’esemplare conservato nel Museo dell’Opera del Duomo di Orvieto, il quale, a sua volta si richiama ad un’opera dei noti esponenti della pittura spoletina Simeone e Machilone. La croce astile, invece, realizzata dall’orafo Tobia da Camerino, è della prima metà del Cinquecento. Recenti ipotesi storiografiche indicano nella chiesa di San Giusto un edificio di sicura origine siriaco-carolingia, nato come padiglione da caccia, ma anche come osservatorio astronomico, per volontà dello stesso Carlo Magno. Altri ipotesi individuano in questo edificio la cappella privata dei conti di San Maroto, posta all’interno del loro castello. Le prime notizie sui conti di San Maroto risalgono, però, al XIII secolo, ad un periodo successivo alla fondazione della chiesa. I signori di San Maroto hanno un ruolo importante nella storia di Camerino, di cui ottengono la cittadinanza già nella fase iniziale del Comune. Sostenitori del partito guelfo sono a fianco dei Da Varano nel 1259 in occasione dell’invasione sveva della zona.
